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박사면뭐해
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단백질 정제란 복합 혼합물(complex mixture)로부터 단일 종류의 단백질을 분리하는 일련의 과정임. 단백질은 20종류의 아미노산으로 이루어져 있음. 단백질 정제를 하는 이유: 단백질의 기능 및 구조 연구, 약제와 진단을 포함한 상업적 사용을 위함 단백질의 구조: 1차 구조 - 아미노산의 서열 2차 구조 - 알파 나선 구조, 베타 병풍 구조 3차 구조 - 2차 구조가 접혀있는 모양 4차 구조 - 둘 이상의 개별 폴리펩타이드 사슬이 응집으로 이루어진 구조 단백질의 구조는 컴퓨터로 시뮬레이션 하거나(알파폴드), X-ray crystallography, 최근에는 Cryo-EM으로 찾을 수 있음. 세포를 용해(lysis)시키고 단백질을 추출(extraction)해야 함 용해를 시킬 때는 버퍼(buffer..

파이썬으로 벤 다이어그램을 그려주는 모듈로 venn이 있습니다. venn 설치 (https://pypi.org/project/venn/) pip install venn ※ venn 모듈은 Jupyter notebook에서만 작동합니다. (해당 링크로 이동하여 Jupyter Lab을 설치합니다.) venn 모듈을 사용하면 2-6개 세트의 venn diagram 또는 pseudo-venn diagram을 자동으로 만들어 줍니다. from venn import venn %matplotlib inline #(쥬피터 노트북에서만 작동하는 magic-line) musicians = { "Members of The Beatles": {"Paul McCartney", "John Lennon", "George Harri..
usb마이크로 소리를 인식하기 위해선 pyaudio를 설치해야 되는데, 오류가 날 경우 의존 프로그램인 portaudio를 재설치해야 할 필요가 있음 sudo apt-get remove libportaudio2 sudo apt-get install libasound2-dev git clone -b alsapatch https://github.com/gglockner/portaudio cd portaudio ./configure && make sudo make install sudo ldconfig cd .. 기존에 설치되어 있는 libportaudio2 제거 후 libasound2-dev 설치 git에서 portaudio 클론 떠오기 configure과 make로 설치 제대로 설치가 되면 pip으로 py..
pyaudio 패키지를 사용해서 usb 마이크로 소리를 입력하던 중 Input overflowed 에러가 발생함 Traceback (most recent call last): File "detect_ring_telegram.py", line 15, in data = np.fromstring(stream.read(CHUNK),dtype=np.int16) File "/home/pi/.local/lib/python3.7/site-packages/pyaudio.py", line 608, in read return pa.read_stream(self._stream, num_frames, exception_on_overflow) OSError: [Errno -9981] Input overflowed 이 에러의 해결..
사무실을 비웠을 때, 사무실로 전화가 오면 스마트폰으로 착신이 되게하고 싶었다. 그러나, 알아보니 착신 기능은 전화국에 별도로 요금을 내고 신청이 필요하다고 한다. (전화국이란게 지금도 있나 싶지만?) 대신, 전화기가 발신자 정보표시를 보여주는 LCD를 가지고 있어, 라즈베리파이 프로젝트로 전화소리가 울리면 LCD 화면을 캡쳐해주고 사진을 스마트폰으로 보내주는 서버를 만들기로 했다. 이를 위해 가장 먼저 필요한 것은 소리 전화소리를 구분할 수 있는 코드를 짜는 것 이였다. 역시 파이썬은 필요한 패키지가 검색하면 나온다. librosa는 음악 및 오디오 분석을 위한 파이썬 패키지이다. 이 패키지를 사용하여 wav 사운드파일을 비교 분석한 코드를 공유한다. import librosa import matplo..
소리 분석을 위해 librosa 라이브러리를 설치하는데, llvmlite 패키지 설치 오류가 발생함 Building wheels for collected packages: llvmlite Running setup.py bdist_wheel for llvmlite ... error Complete output from command /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-install-3hwna_9t/llvmlite/setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(cod..

단백질의 2차 구조는 주로 알파 나선 구조(α-heliex)와 베타 병풍 구조(β-sheet) 그리고 이들을 이어주는 루프(loop)로 이루어져 있습니다. PyMOL에 처음 단백질을 로딩시키면 단색으로 나타납니다. 단백질의 2차 구조를 구분하기 위해선 다음과 같은 명령어를 순서대로 입력해 줍니다. color red, ss h color yellow, ss s color green, ss l+' set cartoon_discrete_colors, 1 출처: pymolwiki.org/index.php/Advanced_Coloring
인스톨 방법 우분투 계열(include 라즈베리파이 OS): sudo apt-get install imagemagick 페도라 계열(CentOS 최신 버전 yum 대신 dnf): sudo yum install imagemagick 설치 후 display 명령어를 통해 실행 # display image.png

생물정보학에서 RMSD는 단백질의 구조적 alingment에서 원자 간 평균 거리에 대한 측정값입니다. RMSD 계산은 생체분자와 같은 비단백질 분자에도 적용할 수 있습니다. 단백질 입체구조 연구에서 두 개의 단백질이 최적의 위치를 가질 때 탄소 원자들의 위치에 대한 RMSD를 통해 3차원 구조의 유사성을 측정할 수 있습니다. 일반적으로 RMSD는 두 개 이상의 단백질간 구조의 유사도를 양적으로 측정하는 데 사용됩니다. 예를 들어 CASP protein structure prediction 대회(단백질의 구조를 예측하는 대회)에서 RMSD는 하나의 평가 지표로 사용됩니다. RMSD가 낮을수록 표적 구조와 비교해서 좋은 모델이 됩니다. 컴퓨터로 단백질 접힘(protein folding)을 연구하는 과학자들..