박사면뭐해

단백질 정제란 복합 혼합물(complex mixture)로부터 단일 종류의 단백질을 분리하는 일련의 과정임. 단백질은 20종류의 아미노산으로 이루어져 있음. 단백질 정제를 하는 이유: 단백질의 기능 및 구조 연구, 약제와 진단을 포함한 상업적 사용을 위함 단백질의 구조: 1차 구조 - 아미노산의 서열 2차 구조 - 알파 나선 구조, 베타 병풍 구조 3차 구조 - 2차 구조가 접혀있는 모양 4차 구조 - 둘 이상의 개별 폴리펩타이드 사슬이 응집으로 이루어진 구조 단백질의 구조는 컴퓨터로 시뮬레이션 하거나(알파폴드), X-ray crystallography, 최근에는 Cryo-EM으로 찾을 수 있음. 세포를 용해(lysis)시키고 단백질을 추출(extraction)해야 함 용해를 시킬 때는 버퍼(buffer..

구조 분석 및 비교 ▣ 구조 분석 - 수소 결합 및 접촉 (hydrogen bond and contacts) - 아미노산 측쇄 입체구조 (amino acid sidechain conformation)(회전이성질체: rotamers) - 특성 (B-factor, 소수성(hydrophobicity)) ▣ 구조 비교 - 구조 겹치기 (Superimposing structures) - 구조 간 모핑 (Morphing between structures) 배경 황생포도구균(Staphylococcus aureus)은 병원성 생물로 스타필로잔틴(staphyloxanthin)이라는 안료를 만든다. 이 안료의 색은 금색으로, 세균이 숙주의 면역 체계에 의해 죽는 것으로부터 보호하여 병원력(virulence)에 기여를 한다..

Modeller 10.1은 PDB 파일을 바탕으로 3차원 단백질 구조를 모델링해주는 프로그램입니다. 예제로 하나의 template(PDB 파일)으로 Trichomonas vaginalis의 lactate dehydrogenase를 모델링해봅시다. T. vaginalis의 유전체 서열에서 새로운 lactate dehydrogenase 유전자(TvLDH)가 발견되었다고 합시다. 이 유전자의 단백질은 같은 종 안에서 다른 LDH 단백질들 보다 malate dehydrogenase(TvMDH)와 매우 높은 유사성을 가지고 있습니다. 따라서 우리는 TvLDH가 수렴 진화(convergent evolution)를 통해서 TvMDH에서 유래되었다고 가설을 세울 수 있습니다. 구조적 차원에서 서열 연구와 부위 특이적 ..

단백질 서열 alingment 할 때 사용함 특징 * BLAST 보다 100x-1,000x 빠르게 단백질과 번역된 DNA의 pairwise alignment 가능 * Long read 분석할 때 frame shift alignment 가능 * 컴퓨터 리소스를 적게 사용하므로 일반 데스크톱과 노트북에서 작동 가능 * BLAST pairwise, Tabular, XML 등 다양한 output format 제공 운영체제(OS) 리눅스(Linux) 분석 내용 서열 분석(Sequence analysis) 분석 자료 단백질(Protein) 분석 유형 서열 정렬 분석(Sequence alignment analysis) 툴 유형 커맨드라인(Command-line) 웹사이트 uni-tuebingen.de/fakultae..