박사면뭐해

생물정보학에서 RMSD는 단백질의 구조적 alingment에서 원자 간 평균 거리에 대한 측정값입니다. RMSD 계산은 생체분자와 같은 비단백질 분자에도 적용할 수 있습니다. 단백질 입체구조 연구에서 두 개의 단백질이 최적의 위치를 가질 때 탄소 원자들의 위치에 대한 RMSD를 통해 3차원 구조의 유사성을 측정할 수 있습니다. 일반적으로 RMSD는 두 개 이상의 단백질간 구조의 유사도를 양적으로 측정하는 데 사용됩니다. 예를 들어 CASP protein structure prediction 대회(단백질의 구조를 예측하는 대회)에서 RMSD는 하나의 평가 지표로 사용됩니다. RMSD가 낮을수록 표적 구조와 비교해서 좋은 모델이 됩니다. 컴퓨터로 단백질 접힘(protein folding)을 연구하는 과학자들..

Modeller 10.1은 PDB 파일을 바탕으로 3차원 단백질 구조를 모델링해주는 프로그램입니다. 예제로 하나의 template(PDB 파일)으로 Trichomonas vaginalis의 lactate dehydrogenase를 모델링해봅시다. T. vaginalis의 유전체 서열에서 새로운 lactate dehydrogenase 유전자(TvLDH)가 발견되었다고 합시다. 이 유전자의 단백질은 같은 종 안에서 다른 LDH 단백질들 보다 malate dehydrogenase(TvMDH)와 매우 높은 유사성을 가지고 있습니다. 따라서 우리는 TvLDH가 수렴 진화(convergent evolution)를 통해서 TvMDH에서 유래되었다고 가설을 세울 수 있습니다. 구조적 차원에서 서열 연구와 부위 특이적 ..

DESeq2는 R의 Bioconductor 패키지로 유전자의 차등발현 분석을 위한 툴입니다. DESeq2는 유전자와 같은 유전체의 특정 부분에 mapping 된 read count matrix를 input으로 받습니다. StringTie는 DESeq2의 input을 만들기 위해 파이썬 코드 prepDE.py를 제공합니다. (파이썬2: prepDE.py; 파이썬3: prepDE.py3) prepDE.py를 사용하면 (-e 매개변수(parameter)를 사용한) StringTie의 결과 파일(GTF/GFF)에서 직접 read count 정보를 추출할 수 있습니다. 이를 사용하기 위해서는 먼저 StringTie 결과 파일들을 아래와 같이 목록 형태의 텍스트 파일(sample_lst.txt)로 만들어야 합니다...

단백질 서열의 Asterisk (*)는 STOP Codon을 나타내는데, 이게 FASTA 파일안에 포함되어 있으면, InterProScan이 돌아가지 않음. 처음 설치시 dataset이 제대로 complie이 안될 수 있는데, 이 때 data 디렉토리 안에 있는 data들의 경로를 살펴보고 수정후 compile을 해주어야함 (※디렉터리명이 제대로 되어있는지 확인 필수) bin/hmmer/hmmer3/3.3/hmmpress -f data/gene3d/4.2.0/gene3d_main.hmm bin/hmmer/hmmer3/3.3/hmmpress -f data/hamap/2020_01/hamap.hmm.lib bin/hmmer/hmmer3/3.3/hmmpress -f data/panther/15.0/panthe..