원자 위치 간 평균 제곱근 편차 Root-mean-square deviation (RMSD)

단백질의 3차원 구조적 alignment. 출처: wikipedia

생물정보학에서 RMSD는 단백질의 구조적 alingment에서 원자 간 평균 거리에 대한 측정값입니다. 

 

RMSD  계산은 생체분자와 같은 비단백질 분자에도 적용할 수 있습니다.

 

단백질 입체구조 연구에서 두 개의 단백질이 최적의 위치를 가질 때 탄소 원자들의 위치에 대한 RMSD를 통해 3차원 구조의 유사성을 측정할 수 있습니다.

 

일반적으로 RMSD는 두 개 이상의 단백질간 구조의 유사도를 양적으로 측정하는 데 사용됩니다.

예를 들어 CASP protein structure prediction 대회(단백질의 구조를 예측하는 대회)에서 RMSD는 하나의 평가 지표로 사용됩니다. RMSD가 낮을수록 표적 구조와 비교해서 좋은 모델이 됩니다.

 

컴퓨터로 단백질 접힘(protein folding)을 연구하는 과학자들도 RMSD를 사용합니다.

 

작은 생체 분자(리간드, ligand)와 고분자(macromolecules) 간의 도킹(docking) 연구에도 사용됩니다. 리간드가 고분자에 붙을 때 리간드의 분자 구성(molecular configuration)을 연구합니다.

 

Sequence alignment의 질적 확인 및 단백질의 진화적 유사도를 양적으로 측정하는데도 사용할 수 있는 방법 입니다.

 

출처: en.wikipedia.org/wiki/Root-mean-square_deviation_of_atomic_positions