박사면뭐해

Modeller 10.1은 PDB 파일을 바탕으로 3차원 단백질 구조를 모델링해주는 프로그램입니다. 예제로 하나의 template(PDB 파일)으로 Trichomonas vaginalis의 lactate dehydrogenase를 모델링해봅시다. T. vaginalis의 유전체 서열에서 새로운 lactate dehydrogenase 유전자(TvLDH)가 발견되었다고 합시다. 이 유전자의 단백질은 같은 종 안에서 다른 LDH 단백질들 보다 malate dehydrogenase(TvMDH)와 매우 높은 유사성을 가지고 있습니다. 따라서 우리는 TvLDH가 수렴 진화(convergent evolution)를 통해서 TvMDH에서 유래되었다고 가설을 세울 수 있습니다. 구조적 차원에서 서열 연구와 부위 특이적 ..

DESeq2는 R의 Bioconductor 패키지로 유전자의 차등발현 분석을 위한 툴입니다. DESeq2는 유전자와 같은 유전체의 특정 부분에 mapping 된 read count matrix를 input으로 받습니다. StringTie는 DESeq2의 input을 만들기 위해 파이썬 코드 prepDE.py를 제공합니다. (파이썬2: prepDE.py; 파이썬3: prepDE.py3) prepDE.py를 사용하면 (-e 매개변수(parameter)를 사용한) StringTie의 결과 파일(GTF/GFF)에서 직접 read count 정보를 추출할 수 있습니다. 이를 사용하기 위해서는 먼저 StringTie 결과 파일들을 아래와 같이 목록 형태의 텍스트 파일(sample_lst.txt)로 만들어야 합니다...

단백질 서열 alingment 할 때 사용함 특징 * BLAST 보다 100x-1,000x 빠르게 단백질과 번역된 DNA의 pairwise alignment 가능 * Long read 분석할 때 frame shift alignment 가능 * 컴퓨터 리소스를 적게 사용하므로 일반 데스크톱과 노트북에서 작동 가능 * BLAST pairwise, Tabular, XML 등 다양한 output format 제공 운영체제(OS) 리눅스(Linux) 분석 내용 서열 분석(Sequence analysis) 분석 자료 단백질(Protein) 분석 유형 서열 정렬 분석(Sequence alignment analysis) 툴 유형 커맨드라인(Command-line) 웹사이트 uni-tuebingen.de/fakultae..