박사면뭐해

파이썬으로 벤 다이어그램을 그려주는 모듈로 venn이 있습니다. venn 설치 (https://pypi.org/project/venn/) pip install venn ※ venn 모듈은 Jupyter notebook에서만 작동합니다. (해당 링크로 이동하여 Jupyter Lab을 설치합니다.) venn 모듈을 사용하면 2-6개 세트의 venn diagram 또는 pseudo-venn diagram을 자동으로 만들어 줍니다. from venn import venn %matplotlib inline #(쥬피터 노트북에서만 작동하는 magic-line) musicians = { "Members of The Beatles": {"Paul McCartney", "John Lennon", "George Harri..

사무실을 비웠을 때, 사무실로 전화가 오면 스마트폰으로 착신이 되게하고 싶었다. 그러나, 알아보니 착신 기능은 전화국에 별도로 요금을 내고 신청이 필요하다고 한다. (전화국이란게 지금도 있나 싶지만?) 대신, 전화기가 발신자 정보표시를 보여주는 LCD를 가지고 있어, 라즈베리파이 프로젝트로 전화소리가 울리면 LCD 화면을 캡쳐해주고 사진을 스마트폰으로 보내주는 서버를 만들기로 했다. 이를 위해 가장 먼저 필요한 것은 소리 전화소리를 구분할 수 있는 코드를 짜는 것 이였다. 역시 파이썬은 필요한 패키지가 검색하면 나온다. librosa는 음악 및 오디오 분석을 위한 파이썬 패키지이다. 이 패키지를 사용하여 wav 사운드파일을 비교 분석한 코드를 공유한다. import librosa import matplo..

Modeller 10.1은 PDB 파일을 바탕으로 3차원 단백질 구조를 모델링해주는 프로그램입니다. 예제로 하나의 template(PDB 파일)으로 Trichomonas vaginalis의 lactate dehydrogenase를 모델링해봅시다. T. vaginalis의 유전체 서열에서 새로운 lactate dehydrogenase 유전자(TvLDH)가 발견되었다고 합시다. 이 유전자의 단백질은 같은 종 안에서 다른 LDH 단백질들 보다 malate dehydrogenase(TvMDH)와 매우 높은 유사성을 가지고 있습니다. 따라서 우리는 TvLDH가 수렴 진화(convergent evolution)를 통해서 TvMDH에서 유래되었다고 가설을 세울 수 있습니다. 구조적 차원에서 서열 연구와 부위 특이적 ..

DESeq2는 R의 Bioconductor 패키지로 유전자의 차등발현 분석을 위한 툴입니다. DESeq2는 유전자와 같은 유전체의 특정 부분에 mapping 된 read count matrix를 input으로 받습니다. StringTie는 DESeq2의 input을 만들기 위해 파이썬 코드 prepDE.py를 제공합니다. (파이썬2: prepDE.py; 파이썬3: prepDE.py3) prepDE.py를 사용하면 (-e 매개변수(parameter)를 사용한) StringTie의 결과 파일(GTF/GFF)에서 직접 read count 정보를 추출할 수 있습니다. 이를 사용하기 위해서는 먼저 StringTie 결과 파일들을 아래와 같이 목록 형태의 텍스트 파일(sample_lst.txt)로 만들어야 합니다...