PyMOL - 단백질의 2차 구조 색깔 바꾸기

단백질의 2차 구조는 주로 알파 나선 구조(α-heliex)와 베타 병풍 구조(β-sheet) 그리고 이들을 이어주는 루프(loop)로 이루어져 있습니다.

 

 

PDB에서 다운로드 받은 1ITX.pdb 파일

PyMOL에 처음 단백질을 로딩시키면 단색으로 나타납니다. 단백질의 2차 구조를 구분하기 위해선 다음과 같은 명령어를 순서대로 입력해 줍니다.

color red, ss h
color yellow, ss s
color green, ss l+'

set cartoon_discrete_colors, 1

 

출처: pymolwiki.org/index.php/Advanced_Coloring