박사면뭐해

R은 누구나 무료로 사용 가능한 통계적 컴퓨팅 및 그래픽 구현을 위한 언어입니다. R은 'The R-Project' 공식 홈페이지에(www.r-project.org/)서 다운로드할 수 있습니다. 1. R 홈페이지에서 'download R'을 클릭합니다. 2. R을 빠르게 다운로드할 수 있게 한국에 위치하고 있는 미러 서버 중 본인과 가장 가까운 곳이라고 생각되는 곳을 선택합니다. 3. 자신의 운영체제(OS)와 맞는 R을 선택합니다. (저는 윈도우 컴퓨터에 설치합니다.) 4. R을 처음 설치하므로 'base'를 선택해줍니다. 5. 'Download R X.X.X for Windows'를 클릭하여 R 설치 파일을 내 컴퓨터에 저장합니다. 6. 저장 위치를 선택해 줍니다. 6. 설치 언어를 선택합니다. (기본..

단백질 서열 alingment 할 때 사용함 특징 * BLAST 보다 100x-1,000x 빠르게 단백질과 번역된 DNA의 pairwise alignment 가능 * Long read 분석할 때 frame shift alignment 가능 * 컴퓨터 리소스를 적게 사용하므로 일반 데스크톱과 노트북에서 작동 가능 * BLAST pairwise, Tabular, XML 등 다양한 output format 제공 운영체제(OS) 리눅스(Linux) 분석 내용 서열 분석(Sequence analysis) 분석 자료 단백질(Protein) 분석 유형 서열 정렬 분석(Sequence alignment analysis) 툴 유형 커맨드라인(Command-line) 웹사이트 uni-tuebingen.de/fakultae..

단백질 서열의 Asterisk (*)는 STOP Codon을 나타내는데, 이게 FASTA 파일안에 포함되어 있으면, InterProScan이 돌아가지 않음. 처음 설치시 dataset이 제대로 complie이 안될 수 있는데, 이 때 data 디렉토리 안에 있는 data들의 경로를 살펴보고 수정후 compile을 해주어야함 (※디렉터리명이 제대로 되어있는지 확인 필수) bin/hmmer/hmmer3/3.3/hmmpress -f data/gene3d/4.2.0/gene3d_main.hmm bin/hmmer/hmmer3/3.3/hmmpress -f data/hamap/2020_01/hamap.hmm.lib bin/hmmer/hmmer3/3.3/hmmpress -f data/panther/15.0/panthe..

1. py2라는 이름의 Python2 환경 생성하고 Python 2.7 설치하기 conda create --name py2 python=2.7 2. py3이라는 Python3 환경 생성하고 Python 3.5 설치하기 conda create --name py3 python=3.5 ※ py2, py3 두 개의 환경이 만들어짐 3. 리눅스, macOS에서 Python2 환경 실행하기 / Python3도 마찬가지 conda activate py2 4. 리눅스, macOS에서 Python2 환경 종료하기 / Python3도 마찬가지 conda deactivate 출처: docs.anaconda.com/anaconda/user-guide/tasks/switch-environment/