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박사면뭐해
DESeq2를 위해 StringTie 결과 전처리 하는 방법 - prepDE.py
DESeq2는 R의 Bioconductor 패키지로 유전자의 차등발현 분석을 위한 툴입니다. DESeq2는 유전자와 같은 유전체의 특정 부분에 mapping 된 read count matrix를 input으로 받습니다. StringTie는 DESeq2의 input을 만들기 위해 파이썬 코드 prepDE.py를 제공합니다. (파이썬2: prepDE.py; 파이썬3: prepDE.py3) prepDE.py를 사용하면 (-e 매개변수(parameter)를 사용한) StringTie의 결과 파일(GTF/GFF)에서 직접 read count 정보를 추출할 수 있습니다. 이를 사용하기 위해서는 먼저 StringTie 결과 파일들을 아래와 같이 목록 형태의 텍스트 파일(sample_lst.txt)로 만들어야 합니다...
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2021. 4. 25. 12:07